Гуанідзін тиоцианат выкарыстоўваецца ў якасці біямедыцыны, хімічных рэагентаў і г.д. Ён можа быць выкарыстаны ў якасці хаатропнага агента і дэнатуратара для дэнатурацыі і расшчаплення клетак, экстракцыі РНК і ДНК, а таксама ў якасці адсарбенту DSSC для павышэння хуткасці канверсіі DSSC.